Сюжет сериала "Лиссабонские тайны" разворачивается в XIX веке и рассказывает историю юноши по имени Педро да Сильва, который с детства живет в обители для сирот. Его таинственное прошлое и таинственная судьба приводит его к знакомству с различными интересными персонажами, каждый из которых имеет свой секрет....