Мультфильм рассказывает о великом злодее, который стал новым защитником мира после победы над своим старым врагом. Главный герой, Мегамозг, вырастает в тюремной детской психиатрической больнице, где его учат быть злодеем. С возрастом он становится главным антагонистом мира и преследует своего врага – супергероя. Однако, после того как он побеждает своего непримиримого врага, его жизнь начинает меняться. Он осознает, что быть злодеем уже не так весело и интересно, как раньше, поэтому он решает измениться и посвятить свою жизнь борьбе за добро. Так начинается новая глава в жизни Мегамозга, где он сталкивается с новыми вызовами и препятствиями на пути к становлению настоящим героем.