Сюжет сериала "Инквизиция" разворачивается во времена Средних веков и рассказывает о деятельности инквизиции - церковной институции, занимавшейся выявлением и преследованием еретиков. Главный герой сериала - монах-инквизитор, который путешествует по различным европейским странам, раскрывая сюжеты еретических группировок и преследуя их членов. Он сталкивается с различными испытаниями на своем пути, включая соблазны и сомнения в своей вере. Сюжет также описывает взаимодействие инквизитора с местными жителями, их верованиями и обычаями, а также властью и королевскими особами. В процессе своих расследований инквизитор пытается разгадать тайны, скрытые за благочестивой фасадом церковной общины, и разоблачить предателей и еретиков.