Сюжет "Стюарт Литтл 2" рассказывает о приключениях маленькой мышки по имени Стюарт. Он живёт со своей семьей, у которой он пытается найти своё место. В этой части фильма, Стюарт знакомится с птицей по имени Маргало, которая бежит от своего злого владельца. Стюарт помогает Маргало найти спасение, при этом они становятся хорошими друзьями. Вместе они пытаются справиться с препятствиями и решают различные задачи. В итоге, Стюарт и Маргало становятся неразлучными друзьями, изучая, что дружба может возникнуть в самых неожиданных местах.