Фильм "Фантом" рассказывает о событиях, происходивших в подлодке советского флота во время Холодной войны. Группа командиров и моряков получает секретное задание, связанное с испытанием новейших ракетных систем. В процессе выполнения миссии возникают разногласия, и командир, не согласный с принятыми решениями, решает изменить планы. В результате подводная лодка теряет связь с внешним миром, и команда оказывается в изоляции на глубине океана. В это же время начинается кризис на земле, а на борту подлодки начинают проявляться враждебные акты и загадочные инциденты. В такой обстановке для выживания команде предстоит объединить усилия и отработать новые стратегии.