Основной сюжет фильма "Лилии" разворачивается в действительности и флэшбэках. В современности тюремный священник приезжает в тюрьму, чтобы проклясть умирающего заключенного. Однако перед этим он слышит от него историю из прошлого, которая производит на него огромное впечатление. Вспоминая свою юность, заключенный рассказывает о своей трагической любви к другому молодому мужчине в 1912 году. Они влюбляются друг в друга, но их любовь встречает резкое сопротивление со стороны общества и церкви. В ходе разворачивающегося драматического сюжета зритель узнает о страстной и запретной любви двух героев, их стремлении сохранить отношения в центре общественного давления и предательства. Страсти, интриги, предательство и надежда переплетаются в этой истории, оставляя зрителя в состоянии напряженного ожидания до самого финала.