Елена Попова в 1979 году окончила Ленинградский государственный институт театра, музыки и кинематографии (курс А. И. Кацмана и Л. А. Додина). В 1978 году была принята в труппу Ленинградского Большого драматического театра им. М. Горького. В настоящее время является одной из ведущих актрис театра, с 1992 года носящего имя Г. А. Товстоногова. Была в отношениях с поэтом, музыкантом и композитором Борисом Гребенщиковым и актёром театра и кино, режиссёром и сценаристом А. В. Феклистовым. Есть сын Андрей.